Netikro Dmitrijaus mirtis nesustabdė bėdų. Pilietinis karas tęsėsi, apėmė naujas žemes, atsirado naujų klastotojų. Pirmąjį savo valdymo mėnesį Vasilijus Šuiskis turėjo nuslopinti kelis Maskvos žemesniųjų klasių pasirodymus. Maskvoje jie bijojo, kad Lenkijos karalius Žygimantas pradės karą dėl apgaviko nuvertimo ir lenkų sumušimo. Todėl iš kelių tūkstančių svečių iš Lenkijos ir netikro Dmitrijaus samdinių, išgyvenusių gegužės sukilimą Maskvoje, buvo paleisti tik paprasti žmonės, o kilmingi žmonės liko įkaitais, jiems buvo suteikta gera priežiūra ir jie buvo prižiūrimi įvairiuose miestuose. Šuiskis pažeidė diplomatinį etiketą ir net sulaikė Gonsevskio Lenkijos ambasadą Maskvoje.
Tačiau šios baimės buvo veltui. Pati Lenkija patyrė sunkumų. Lenkai pradėjo karą su Švedija ir Livonijoje iš jos atgavo Pernovo (Pernu) miestą. Be to, Zaporožės kazokai, vadovaujami etmono Sagaidachny, įvykdė nemažai sėkmingų reidų ir apiplėšė Kafą bei Varną. Tai supykdė osmanus ir jie paskelbė karą Sandraugai. Tiesa, pagrindinės Turkijos kariuomenės pajėgos buvo susijusios su karu su Persija ir pagalbinė kariuomenė buvo išsiųsta prieš Lenkiją, o lenkai ataką atmušė. Pačioje Lenkijoje kai kurie karaliaus politika nepatenkinti magnatai sukėlė siautulį. Šalis buvo apimta pilietinio karo. Todėl lenkai neturėjo laiko Maskvai.
Taigi Maskva nepastebėjo rimtesnės grėsmės - vidinės. Galų gale problemos, sukėlusios Bėdas, nebuvo išspręstos. Ir išorinė grėsmė vaidino svarbų, bet ne pagrindinį vaidmenį. Provincija buvo pasipiktinusi: Bojaro Dūma išrinko carą be reikiamos visų žemių paramos. Paaiškėjo, kad bojarai nužudė „gerąjį carą“ir užgrobė valdžią, atiduodami sostą „berniukiniam carui“. Provincija virė: pabėgėlių paieškos terminas buvo padidintas iki 15 metų; kariai prisiminė dosnius melagingo Dmitrijaus apdovanojimus; pietų gyventojai bijojo keršto ir teroro (kaip Godunovo laikais) už tai, kad padėjo apsimetėliui; susirūpinęs dėl kazokų, kurie aktyviai palaikė melagį; Šuiskis atsikratė netikro Dmitrijaus šalininkų, išsiųsdamas juos iš sostinės, daugelis buvo išsiųsti į pietines pasienio šalis.
1606 -ųjų vasarą spontaniški sukilimai apėmė visą šalies pietus, kurį sujaudino gandai apie „gerojo caro Dmitrijaus išgelbėjimą“. Kovos su naujuoju karaliumi Šiaurės žemėje centras buvo pirmojo apsimetėlio - Putivlo „sostinė“. Čia sukilę miestiečiai, valstiečiai, „puikiu vadu“pasirinko pas juos su būriu atvykusį Ivaną Bolotnikovą. Ivanas Bolotnikovas, pagal labiausiai paplitusią versiją, buvo kunigaikščio Telyatevskio baudžiauninkas. Jaunystėje jis bėgo nuo savo šeimininko į stepę pas kazokus, čia jį sugavo totoriai ir buvo parduotas į vergus turkams. Jis keletą metų praleido vergijoje, virtuvėse kaip irkluotojas. Po nesėkmingo jūrų mūšio su krikščionių laivais dėl turkų jis buvo paleistas ir išvyko į Veneciją, kur gyveno Vokietijos prekybos centre. Iš čia, išgirdęs istorijas apie bėdų pradžią Rusijos valstybėje, Bolotnikovas per Vokietiją ir Lenkiją persikėlė į Rusiją. Gandai apie Maskvos caro Dmitrijaus „stebuklingą išgelbėjimą“patraukė Ivaną į Samborą, kur Maskvos bėglys Michailas Molčanovas, buvęs netikro Dmitrijaus I. Molčanovo sąjungininkas, slapstėsi su žmona Jurij Mnishek Yadviga ir prisistatė karaliumi. Šis nuotykių ieškotojas Bolotnikovui prisistatė kaip caras, pabėgęs po gegužės perversmo Maskvoje. Naujasis klastotojas ilgai kalbėjosi su Bolotnikovu, o po to pateikė jam laišką kunigaikščiui Grigorijui Shakhovskiui ir išsiuntė jį į Putivlą kaip savo asmeninį pasiuntinį ir „didįjį vaivadą“.
Tiesą sakant, pilietinis karas įžengė į aktyvią fazę. Bolotnikovo kariuomenėje buvo pagrindinės Rusijos valstybės valdos ir socialinės grupės: valstiečiai ir vergai, Severskas, Terekas, Volgos ir Zaporožės kazokai, bajorų atstovai. Be to, sukilimą palaikė aristokratijos atstovai, tarp jų - princas Grigorijus Šachovskis ir Černigovo vaivada Andrejus Telyatevskis, buvęs Bolotnikovo savininkas.
1606 metų vasarą 30 tūkst. Bolotnikovo armija persikėlė į Maskvą. Buvo užfiksuotos Kromy ir Yelets tvirtovės, kurių turtingas arsenalas papildė sukilėlių atsargas. Vyriausybės kariai, vadovaujami kunigaikščių Vorotynskio ir Trubetsko gubernatorių, buvo nugalėti Kromyje ir Jelete. Daug karių iš carinės kariuomenės perėjo į sukilėlių pusę. Pasinaudoję caro valdytojų klaidomis, sukilėliai sparčiai žengė link Maskvos. Vis daugiau maištaujančių valstiečių būrių pasipylė į Bolotnikovo armiją. Be to, pakeliui į Maskvą prie Bolotnikovo prisijungė dideli tarnybinių didikų būriai, kurie priešinosi berniukui carui Šuiskiui. Vyresnysis Riazanės gubernatorius Prokopijus Lyapunovas ir jaunesnysis - Grigorijus Sumbulovas vadovavo Riazanės milicijai, staltiems šimtininkui Istomai Paškovui - dideliam būriui aptarnaujančių žmonių. Sukilo Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimiras ir Astrachanė. Volgoje sukilo mordoviečiai ir mariai (Čeremisai), jie apgulė Nižnij Novgorodą.
Pakeliui į Maskvą sukilėliai priartėjo prie Kolomnos. 1606 m. Spalio mėn. Posadas Kolomna buvo užpultas, tačiau Kremlius ir toliau priešinosi. Palikęs nedidelę dalį savo pajėgų Kolomnoje, Bolotnikovas pasuko Kolomnos keliu į Maskvą. Troitskoje kaime, Kolomenskio rajone, jam pavyko nugalėti vyriausybės karius. Spalio 22 dieną Bolotnikovo kariuomenė buvo dislokuota Kolomenskoje kaime netoli Maskvos. Čia jis pastatė kalėjimą (tvirtovę) ir pradėjo siųsti laiškus į Maskvą ir įvairius miestus, ragindamas paremti teisėtą suvereną Dmitrijų Ivanovičių ir sužadinti nepasiturinčius ir vargšus prieš turtuolius. „Jūs visi, vergai bojarai, muškite savo bojarus, paimkite jų žmonas ir visą jų turtą, valdas ir valdas! Jūs būsite kilnūs žmonės, o jūs, vadinami šnipais ir bevardžiais, žudote svečius ir pirklius, padalinkite jiems pilvą! Jūs buvote paskutinis - dabar gausite bojarus, apsukrumą, vaivadiją! Bučiuok visą kryžių teisėtam suverenui Dmitrijui Ivanovičiui! Todėl Bolotnikovo kariuomenės kelią lydėjo baisūs pogromai, žmonės siaubingai reagavo į terorą, kovojo taip, tarsi aplinkui būtų svetimi žmonės (panašiai elgėsi ir sukilimų apimtos teritorijos caro kariuomenė).
Bolotnikovo milicija toliau augo, išsiskyrė atskiri būriai, daugiausia nuo vergų, kurie savo reidais ir apiplėšimais išlaikė sostinę apgulties būsenoje. Lapkritį prie Bolotnikovo prisijungė Ileikos Murometso kazokai. Jis buvo dar vienas apsimetėlis, apsimetęs cariene Petru Fiodorovičiumi, kuris iš tikrųjų niekada neegzistavo caro Fiodoro I Ivanovičiaus sūnumi. Maskviečiai jau buvo pasiruošę paklusti Bolotnikovui, prašydami tik parodyti jiems Tsarevičių Dmitrijų, ir net pradėjo su juo derybas. Nudžiugęs Bolotnikovas pasiuntė pasiuntinius į Putivl. Kaip, tegul „caras“ateina greičiau, pergalė arti. Tačiau Dmitrijus niekada nepasirodė. Daugelis pradėjo reikšti abejones dėl Dmitrijaus egzistavimo ir perėjo į Shuisky pusę.
Tuo tarpu Shuisky nesėdėjo vietoje ir aktyviai ruošėsi kontratakai. Maskvos priemiesčiai ir gyvenvietės buvo įtvirtinti. Gubernatorių Skopino-Šuiskio, Golicyno ir Tatevo kariai įsikūrė prie Serpuhovo vartų, iš kur stebėjo priešo stovyklą. Buvo užmegztas ryšys tarp Maskvos ir aplinkinių miestų, kariai saugojo kelius. Lapkritį iš Tverės ir Smolensko atvyko pastiprinimas, kurį daugiausia sudarė didikai ir miestiečiai. Tuo pat metu Šuiskis aktyviai derėjosi su kilnia maištingos stovyklos dalimi. Lyapunovai ir Paškovas nekentė Šuiskio, tačiau bijojo „triukšmo“riaušių.
Bolotnikovo armija išaugo iki 100 tūkstančių žmonių (jo kariai veikė didžiulėje teritorijoje), tačiau jo kovinės savybės sumažėjo. Tarp sukilėlių buvo daug vergų, klajūnų, valstiečių, kurie neturėjo kovinės patirties, buvo prastai ginkluoti ir organizuoti. Kazokai ir bajorai - du armijos koviniai branduoliai, jie buvo niekinami. Tačiau jie taip pat priešinosi vienas kitam. Dėl to Bolotnikovo armijoje įvyko skilimas: vieną stovyklą sudarė didikai ir berniukų vaikai, kitą - vergai, kazokai ir kiti žmonės. Pastarieji vadovavo Ivanui Bolotnikovui, pirmieji - Istomai Paškovui ir broliams Lyapunovams. Tarp lyderių kilo nesutarimų, todėl pirmiausia Lyapunovai, o vėliau Istoma Paškovas perėjo į Shuisky pusę. Tuo tarpu Šuiskis kruopščiai įtvirtino Maskvą, iš kitų miestų kovotojų suformavo naują armiją. Be to, Šuiskis iš Bolotnikovo lagerio išviliojo daugybę bajorų, pažadėdamas jiems atlygį ir rangus.
Matydamas, kad padėtis blogėja ir Šuiskio pajėgos auga, Bolotnikovas nusprendė pulti. Lapkričio 26 d. Jis bandė užimti Simonovo vienuolyną, tačiau jį nugalėjo caro kariuomenė, kuriai vadovavo jaunas ir talentingas vadas, caro Michailo Skopino-Šuiskio sūnėnas. Lemiamu mūšio momentu sukilėlių stovyklą paliko didelis kilmingas Pashkovo būrys, tai nulėmė mūšio baigtį carinės armijos naudai. Bolotnikovo kariai buvo įsitvirtinę Kolomnos stovykloje. Skopinas-Šuiskis apgulė bolotnikoviečius ir pradėjo šaudyti. Caras Vasilijus bandė susitarti su pačiu Bolotnikovu, pažadėjo aukštą rangą, tačiau sukilėlių vadas atsisakė eiti į taiką. Po trijų dienų artilerijos ugnies marga Bolotnikovo armija neatlaikė ir pabėgo. Dalis kazokų įsigalėjo Zaborie kaime, kur gruodžio 2 d. Sukilėliai vėl buvo nugalėti. Atamano Bezzubcevo kazokai perėjo į Skopino-Šuiskio pusę. Caras Vasilijus jiems atleido. Likę mūšyje ar skrydžio metu paimti kaliniai buvo pakarti ar priblokšti lazdomis, nuskendo. Bolotnikovas pabėgo į Serpuhovą, o paskui Kaluga, Ileika Muromets išvyko į Tulą.
Taigi sukilėliai niekada negalėjo paimti sostinės. Lemiamame mūšyje bolotnikovai buvo nugalėti carinių vaivadų, o tai palengvino kilmingų būrių, perėjusių į caro Vasilijaus Šuiskio pusę, išdavystė.
Kalugoje Bolotnikovas surinko apie 10 tūkst. Jį apgulė caro kariuomenė. Tačiau pagrindinis vadas buvo talentingas caro brolis Ivanas Šuiskis. Dėl to Kalugos apgultis užsitęsė nuo 1606 m. Gruodžio iki 1607 m. Sukilėliai sumaniai ir beviltiškai gynėsi, atmušė puolimus, drąsiai rėžėsi, padarydami didelę žalą caro kariuomenei. Cariniai valdytojai nusprendė sudeginti medinę tvirtovę ir, sutelkę aplinkinius valstiečius, pradėjo tiekti malkų, kuriomis išklojo sienas. Tačiau sukilėliai atspėjo šį planą ir susprogdino „šlavimą“, nužudydami ir suluošindami daugybę caro karių. Tuo metu kiti sukilėliai bandė atblokuoti Kalugą, tačiau buvo nugalėti. Taigi, Mezetskio būrys, kurį Shahovskis išsiuntė iš Putivlio į pagalbą Bolotnikovui, upėje buvo nugalėtas Ivano Romanovo kariuomenės. Vyrke.
Vėliau Telyatevskio ir Pseudo-Petro kariuomenė bandė prasiveržti iki Bolotnikovo. 1607 m. Gegužės 1 d. Donas ir Ukrainos kazokai Pchelna upėje sumušė caro karius. Pasinaudodamas apsiausties kariuomenės sumaištimi, Bolotnikovas pasipriešino ir nugalėjo caro valdytojus, kurie pasitraukė, palikdami artileriją ir bagažo traukinį. Dalis caro kariuomenės perėjo į sukilėlių pusę. Tik Skopino-Šuiskio pulkas pasitraukė tobula tvarka. Po to Bolotnikovas persikėlė į Tulą, kur buvo galingesnė akmeninė tvirtovė, ir susivienijo su kitais sukilėlių būriais.
Tada Bolotnikovas pradėjo antrąją kampaniją prieš Maskvą. Tačiau caras Vasilijus nesėdėjo be darbo. Buvo paskelbta apie „duoklės“žmonių mobilizavimą („duoklė“- kariai, iškviesti iš miestiečių ir valstiečių bendruomenių) visoje šalyje ir asmeniškai vadovavo didelei armijai, kuri buvo kuriama Serpuhove. Sukilimo centrai palaipsniui žlugo. Sukilėliai buvo išvaryti iš Nižnij Novgorodo. A. Golitsynas nugalėjo Telyatevskį netoli Kaširos. Kažko nežinomo Petro pasirodymas vietoj tikėtino „gero caro“Dmitrijaus, kuris sukėlė siaubą prieš priešininkus, daugelį atvėsino, maištingi miestai nurimo, atnešė išpažintį. Gegužę carinė kariuomenė patraukė sukilėlių link. Akcijoje dalyvavo pats caras, o atskiriems pulkams vadovavo Michailas Skopinas-Šuiskis, Piotras Urusovas, Ivanas Šuiskis, Michailas Tureninas, Andrejus Golicynas, Prokopijus Liapunovas ir Fiodoras Bulgakovas.
Bolotnikoviečiai bandė apeiti pagrindines carinės armijos pajėgas ir vykti į Maskvą, tačiau aplenkę Kaširą sukilėliai prie Vosmos upės sutiko carinės kariuomenės šoną. 1607 m. Birželio 5-7 d. Įvyko mūšis. Bolotnikovai turėjo pranašumą dėl jėgos - 30-38 tūkst. Tačiau Tulos gubernatorius išdavė Bolotnikovą ir su 4 tūkst. būrys perėjo į caro kariuomenės pusę. O Liapunovo Riazanės būriai pateko į Bolotnikovo kariuomenės galą. Tai sukėlė paniką tarp bolotnikoviečių ir jie atsitraukė. Dalis Bolotnikovo kariuomenės buvo nutraukta ir paimta į nelaisvę, kaliniams įvykdyta mirties bausmė. Po Vosemsko mūšio Bolotnikovo kariuomenė buvo išvaryta atgal į Tulą.
Caras Vasilijus Šuiskis į Bolotnikovą atsiuntė keletą pulkų, kuriems vadovavo Michailas Skopinas-Šuiskis. Tulos pakraštyje Bolotnikovas nusprendė kovoti prie Voronjos upės, sukilėliai užsidarė serifais ir ilgą laiką atstūmė caro kavalerijos puolimą. Abi pusės patyrė didelių nuostolių. Tačiau lankininkai padarė žiedinį manevrą, bolotnikoviečiai svyravo ir bėgo, daugelis žuvo persekiojimo metu. Bolotnikovas šiuose mūšiuose neteko pusės savo karių - apie 20 tūkst. Su likusia dalimi jis užsidarė Tuloje. Taigi Bolotnikovas patyrė lemiamą pralaimėjimą ir prarado strateginę iniciatyvą.
Birželio 30 d. Pats caras Vasilijus su pagrindine armija priėjo prie Tulos. Amžininkai pranešė, kad caro kariuomenėje buvo 100–150 tūkst. Bolotnikovui ir „Tsarevičiui Petrui“liko ne daugiau kaip 20 tūkst. Apgulties ginklai pradėjo apšaudyti miestą iš abiejų bankų. Tačiau Tula turėjo galingus įtvirtinimus, o Bolotnikovui liko efektyviausia sukilėlių šerdis. Todėl apgultieji išsilaikė iki 1607 m. Ankstyvosiose apgulties stadijose miesto gynėjai rengėsi ir drąsiai gynėsi. Visi caro valdytojų bandymai audra užimti miestą pasirodė nesėkmingi.
Tada caro kariuomenė, remdamasi bojaro Ivano Krovkovo sūnaus Muromo idėja, nusprendė užtvanka užtverti Upu upę žemiau miesto, kad Tulą užtvindytų vanduo. Dešiniajame, pelkėtame krante buvo pastatyta maždaug pusės mylios dydžio užtvanka, kuri turėjo užkirsti kelią upės perpildymui į žemumas per rudens potvynį, tačiau sukelti staigų vandens lygio kilimą. Iš tiesų, rudeninis potvynis visiškai atitraukė miestą nuo išorinio pasaulio, paversdamas jį pelkėta sala vidury visiškai užtvindytos lygumos. Buvo apgadinta daug šaudmenų, taip pat rūsiuose laikytos grūdų ir druskos atsargos. Netrukus Tuloje prasidėjo baisus badas ir epidemija, kuri sustiprino vidinius sukilėlių prieštaravimus. Sukilėliai bandė susprogdinti užtvanką, bet tas pats Kravkovas perspėjo Shuisky, ir bandymas nepavyko.
Bolotnikovas per apgultį ne kartą siuntė pasiuntinius pas Michailą Molchanovą ir Grigorijų Šachovskį, bet nesėkmingai. Ir caras Vasilijus susidūrė su nauja grėsme. Atsirado naujas apsimetėlis - netikras Dmitrijus II, jau spėjęs užgrobti Seversčinos, Briansko ir Verchovskos žemes. Bolotnikovui buvo pasiūlytos derybos dėl miesto pasidavimo sąlygų. Šuiskis pažadėjo išsaugoti sukilimo lyderių ir dalyvių laisvę. Pasiektas susitarimas buvo užantspauduotas iškilminga priesaika, o 1607 m. Spalio 10 d. Tula atvėrė vartus caro kariuomenei.
Caras Vasilijus apgavo sukilimo vadovus. Šuiskis suskubo pranešti, kad atleidimas galioja tik eiliniams „Tulos kaliniams“, o ne sukilimo vadovams. Tulyakams buvo tikrai atleista, maištaujantys bajorai išlipo su tremtiniais. Šachovskis buvo apdovanotas vienuoliu. „Caravičius Petras“buvo pakabintas. Bolotnikovas buvo išsiųstas į Kargopolį ir slapta nuskendo. Į miestus buvo išsiųsta daug paprastų sukilėlių, o tie, kurie atsidūrė Maskvoje, be triukšmo ir dulkių, buvo pasmaugti.
Taigi Maskvos vyriausybė užgesino valstiečių karą, sutelkdama praktiškai visus rezervus ir teroru reaguodama į terorą. Tačiau Shuisky, išformavęs didžiąją armijos dalį ir manęs, kad neramumai eina į pabaigą, neteisingai apskaičiavo. Viskas tik prasidėjo. Pasirodė antrasis netikras Dmitrijus, prie kurio prisijungė bolotnikoviečių likučiai. Lenkija vėl tapo aktyvi.
